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第二次世界大戦が終わった1945年。高級住宅街の一角を占めるコルレオーネ家の屋敷では主人であるドン・コルレオーネ（マーロン・ブランド）の娘コニー（タリア・シャイア）の結婚祝賀宴が豪勢にとり行われていた。太陽の下では故郷を同じくするイタリア人が老いも若きも陽気に唄い踊っている。一方、邸の隅にある書斎では昼にもかかわらずブラインドが降ろされている。花嫁の父はかすかに寂しげな表情を浮かべ古い友人たちを迎え入れる。客たちの中には表沙汰にできない問題を抱えている者があり彼らは密かにドンの庇護を求めてきたのだ。折角の披露宴に水を差されるも、心中の煩わしさを見せずに友情に従い誠実に対応するドン。この王への謁見を、トム・ヘイゲン（ロバート・デュヴァル）は部屋の隅で無表情のまま見つめている。

宴の中、父親であるドンの反対を押し切り大学を中退して従軍、英雄として復員した三男のマイケル（アル・パチーノ）が恋人のケイ（ダイアン・キートン）を伴い久しぶりに帰宅する。初めてマイケルの家を訪れたケイは彼の兄弟たち、大柄で快濶な長兄ソニー（ジェームズ・カーン）、大人しい次兄のフレド（ジョン・カザール）、それに血は繋がらないが兄弟同然に育った弁護士のトムを紹介されるが、突如現れた人気歌手ジョニー・フォンテーン（アル・マルティーノ）に目を丸くしてマイケルに種明かしをせがむ。マイケルはドンが非合法な手段によりこの歌手を救った過去を明かしドン・コルレオーネ、即ち彼の父が組織暴力のトップ「ゴッドファーザー」である事を率直に伝える。ソニーもフレドも組織の幹部でありトムはコンシリオーリ（相談役）として官房に携わっていたのだ。

驚くケイに対し、マイケルは自分は彼らは家族として重要な存在だが、その家業には無縁であると誓う。ドンもまたマイケルが堅気の生活を送ることを望んでいた。自分の道を歩こうとするマイケルはケイと恋人同士の時間を過ごす。賑やかなニューヨークの街中をデートする二人。ラジオシティ・ミュージックホールを過ぎようとした時スタンドで売られている新聞を見たマイケルは驚愕する。そこにはドン・コルレオーネが狙撃された記事が載っていた。この瞬間からニューヨーク五大ファミリーの一つとして地下帝国で栄華を誇ったコルレオーネ家の運命は悲劇の暗転を繰り返すこととなる。